Πραγματοποιήθηκε το πρωί της Πέμπτης (8/9) στα γραφεία της ΕΠΟ η κλήρωση της 2ης φάσης του Κυπέλλου Ελλάδας ενώ να τονίσουμε ότι ο Βύρωνας Καβάλας κληρώθηκε εντός έδρας να αντιμετωπίσει τον ΠΟ Φήκης
Οι ομάδες κληρώθηκαν σε δύο γκρουπ με βάση γεωγραφικά κριτήρια. Οι αγώνες της 2ης φάσης είναι νοκ άουτ (παράταση, πέναλτι). Σημειώνεται ότι οι δύο τελευταίες ομάδες στην κλήρωση κάθε γκρουπ πέρασαν άνευ αγώνα στην επόμενη φάση της διοργάνωσης, στην οποία θα προκριθούν συνολικά 14 ομάδες. Υπενθυμίζεται ότι στην 3η φάση του Κυπέλλου Ελλάδας θα αγωνιστούν και οι ομάδες της Super League 2.
Αξίζει να αναφέρουμε ότι οι αναμετρήσεις της 2ης φάσης θα πραγματοποιηθούν το τρίτο δεκαήμερο του Σεπτεμβρίου.
Αναλυτικά τα δέκα ζευγάρια:
1ο γκρουπ
ΑΕ Ποντίων Κοζάνης-ΠΟ Ελασσόνας
Αστέρας Τριποτάμου-Ιωνικός Ιωνίας
Βύρων Καβάλας-ΠΟ Φήκης
Αστέρας Σταυρού-Βατανιακός
Αστέρας Πετριτή-Απόλλων Παραλιμνίου
Πρόκριση άνευ αγώνα: ΠΑΟΚ Κρηστώνης, Πανθρακικός ή FC Αλεξανδρούπουλη
2ο γκρουπ
ΑΕΡ Αφάντου-Διαγόρας Βραχνεΐκων
Αετός Λουτρών ή Αλμυρός Γαζίου-Απόλλων Ευπαλίου
Ερμής Ζωνιανών ή Ηλιούπολη-Ερμής Μελιγούς
Άρης Βούλας ή Νέα Αρτάκη-Ναυπακτιακός Αστέρας
ΠΑΟ Βάρδας-Πανελευσινιακός
Πρόκριση άνευ αγώνα: Άγιος Νικόλαος, Τηλυκράτης Λευκάδας.